JGAPは、Japan Good Agricultural Practice（日本の良い農業のやり方）の略で、食の安全や環境保全に取り組む農場に与えられる認証であり、農業界と流通業界と消費者が協力して開発した最新の農場管理手法であり、食の安全と持続的な農場経営の両立を目指しています。
JGAPは、農林水産省が導入を推奨する「農業生産工程管理手法」の一つです。

熊本牧場では、令和２年10月29日に差分審査によらないJGAP個別認証審査によりJGAP認証農場に認証されました。

なお、令和２年11月11日に公益社団法人中央畜産会のホームページに公表された事項は以下のとおりです。

独立行政法人家畜改良センター熊本牧場は、我が国畜産の発展と国民生活のさらなる向上に貢献するため、法規制遵守を基礎とし、農場管理を継続的に改善して以下の事項を達成することにより、取引先をはじめ、役職員、地域から信頼される農場を目指します。

１．食の安全（薬物残留や微生物による汚染等の事故の撲滅）
２．家畜衛生（飼養衛生管理基準の遵守）
３．労働安全（労働災害をゼロにする）
４．環境保全（廃棄物の適正な処置と有効利用、省エネルギーの推進）
５．信頼できる販売管理（トレーサビリティや個体識別管理、迅速な苦情対応の実施）
６．人権の尊重と適切な労務管理（労使間の円滑なコミュニケーション等）
７．アニマルウェルフェアへの配慮（チェックリストの活用）
８．地域社会との円滑なコミュニケーション（地域の取り決めの遵守）