宮崎牧場では、飼養家畜を伝染性疾病から守るため、厳しい防疫体制をとっています。

宮崎牧場では、豚飼養地区、肉用牛飼養地区及び検疫地区について衛生管理区域を設け、人・物・車輌の入場を制限しています。

衛生管理区域への入場について、畜産関連施設等に立ち入った人や海外から入国又は帰国して、１週間経過していない人の入場は禁止するなど、衛生管理区域への人の入場には制限を設けています。
また、衛生管理区域に入場する人は、職員・来場者問わず、各衛生管理区域専用の作業着と長靴に更衣しています。

外部車輌の衛生管理区域への入場は原則として行っていません。ただし、やむを得ず入場する必要がある場合は、牧場入口で当場職員が車輌消毒を行い、さらに各衛生管理区域入口で車輌消毒を行っています。
場内車輌についても、一度衛生管理区域を退場して再入場する場合は車輌消毒を行っています。

宮崎牧場では、肉用牛改良のため、肉用牛を外部から導入しています。
外部から導入する肉用牛は、肉用牛飼養地区から離れた場所にある検疫牛舎で３ヶ月間検疫を行い、伝染性疾病について陰性が確認されたものだけを肉用牛飼養地区に移動しています。
なお、豚の外部からの導入は、受精卵のみであり、生体の導入は行っていません。