家畜改良センター長野支場は、飼料作物種子の品質検査技術が国際水準であるとして、 ISTA（国際種子検査協会） から日本で唯一の飼料作物種子の国際種子分析証明書 の発行権限を有する機関として認定されています。このような中、ISTAによる認定機関としての能力確認のため、2011年（平成23年）10月13日から２日間にわたる監査（３年に１度） を受けました。監査の結果、品質管理能力や職員の種子検査技術は世界的にみてもトップレベルとの評価を受けたところですが、いくつかの改善すべき点が指摘され、 2012年（平成24年）１月31日までに対応措置をISTAに報告することになりました。 ISTA認定検査所は、2011年現在世界に120ヵ所あり、日本では当場のほか、独立行政法人種苗管理センター、（株）サカタのタネ、タキイ種苗（株）の計４ヵ所が認定検査所となっています。 ISTAの認定を受けることにより、国際的に信頼性の高いISTA国際種子分析証明書を発行する権限が得られるとともに、 種苗法 および カルタヘナ法 に基づく検査についても国際的に標準化された手法を用いて得られた信頼性の高い検査結果を提供することができます。