昭和3年（1928年）熊本県菊池郡西合志町に肥後養鶏場として設立
昭和21年（1946年）熊本種畜牧場と改称
昭和35年（1960年）熊本県阿蘇郡長陽村に熊本種畜牧場阿蘇支場創設
昭和49年（1974年）種鶏業務を廃止し、新たに西南暖地の飼料作物種子増殖業務開始
平成2年（1990年）家畜改良センター設立により家畜改良センター熊本牧場と同阿蘇支場に改称
平成7年（1995年）熊本牧場と同阿蘇支場を統合し、熊本県玉名郡横島町に移転
平成13年（2001年）農林水産省の組織から独立行政法人へ移行
平成17年（2005年）市町合併により玉名市横島町に住所変更