現在は、血縁や家畜個体の成績を統計学による分析に基づき、個々の遺伝子の作用ではなく遺伝子の集まりの特性を調べて、育種（改良）が行われていますが、上述のような個々の遺伝子情報を取り入れた育種手法は、従来の育種に必要であった時間、人員や施設等の経済面において飛躍的に効率化が図られるものと期待されています。

マーカーアシスト選抜は、様々な経済形質の向上を目的とした育種に力を発揮する手法と考えられています。現在のところ、乳用牛では繁殖性、肉用牛では成長や食味、豚では繁殖性及び鶏では卵質などの形質をターゲットに調査研究を進めています。