現在わが国には、北海道和種、木曽馬、野間馬、対州馬、御崎馬、トカラ馬、宮古馬、与那国馬の８馬種の日本固有の在来馬がいます。
十勝牧場ではそのうちの６馬種について、生体および凍結精液による遺伝資源の保存を行っています。

北海道和種馬は、名前に示すとおり北海道の馬で「道産子（どさんこ）」とも呼ばれる。
体高は１３０cm程度で、寒冷に強く、頑強で粗食に耐える。

木曽馬は、木曽地方（長野県の開田高原を中心とした中央アルプスの山岳地帯）の馬。
体高は１３０cm程度。源平時代の「いけづき」「するすみ」など、日本史に名を残す名馬もいる。

対州馬は、長崎県対馬の馬で、体高は１２５cm程度。
狭く、急な悪路での運搬も苦としない。

トカラ馬は、鹿児島県トカラ列島の馬で、体高は１２０cm程度。
現在は鹿児島県本土の開聞山麓自然公園と鹿児島大学付属農場で飼育されている。

宮古馬は、沖縄県宮古島の馬で、体高は１２０cm程度。
性格温順で飼い主に良くなつき、粗食や重労働に耐える。

与那国馬は、日本最西端の沖縄県与那国島の鹿毛中心の馬で、体高は１１０～１２０cm程度。
性格は人なつこく、最近ではアニマルセラピーにも用いられる。