ヨーネ病は、ヨーネ菌という細菌が、牛、羊、山羊等の反芻動物に慢性・頑固な下痢を特徴とする肉芽腫性の腸炎を引き起こす疾病です。ワクチンによる予防や治療方法がなく、摘発された動物は法律に基づき処分されます。
育種改良や種畜生産・供給のため高い清浄性が求められるセンターにとって、本病の侵入は育種素材の喪失や種畜供給の制限、清浄化の為に長期間育種を満足に行えないこと等により、非常に大きな影響を及ぼすと考えられます。
感染してから発症するまでの期間が非常に長く、見つかった時には既に下痢便を介して同居の動物にも感染を広げているおそれがあるため、定期的な検査により、早期に疾病を発見することが重要です。
牛を飼養している農場はヨーネ病の防疫対策を推進するため、農林水産省の定める「牛のヨーネ病防疫対策要領」に基づき、清浄性が確認・維持された農場は「カテゴリーI」、それ以外の農場は「カテゴリーII」に分類され、それぞれのカテゴリーに応じた防疫対策が取られます。
センターでは、万が一侵入があった場合の早期発見のため、家畜の種類等に応じ毎年2~4回の自主検査を実施しています。
また、万が一侵入があった場合、まん延を最小限に抑えることによって早期の収束を図るため、ヨーネ病に感染するリスクが高い若齢牛に対する日頃からの感染防止対策を整備しています。
センターは、牛を飼養している全ての牧場で「カテゴリーI」を取得しています。
めん羊や山羊を飼養している牧場も、自主的な定期検査で陰性を確認・維持しています。
センターのヨーネ病対策

家畜改良センターのヨーネ病対策状況
| 新冠牧場 | 第1農場 カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 第2農場 カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 十勝牧場 | 乳用牛基地 カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 肉用牛基地 カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 めん羊基地 自主検査で清浄性を確認 |
| 奥羽牧場 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 岩手牧場 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 本所 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 長野牧場 | 山羊 自主検査で清浄性を確認 |
| 鳥取牧場 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 熊本牧場 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |
| 宮崎牧場 | カテゴリーⅠ(英数字の1)清浄 |