現在わが国には、北海道和種、木曽馬、野間馬、対州馬、御崎馬、トカラ馬、宮古馬、与那国馬の８馬種の日本固有の在来馬がいます。
十勝牧場ではそのうちの4馬種について、生体による遺伝資源の保存を行っています。
木曽馬は、木曽地方（長野県の開田高原を中心とした中央アルプスの山岳地帯）の馬。
体高は１３０cm程度。源平時代の「いけづき」「するすみ」など、日本史に名を残す名馬もいる。
対州馬は、長崎県対馬の馬で、体高は１２５cm程度。
狭く、急な悪路での運搬も苦としない。
宮古馬は、沖縄県宮古島の馬で、体高は１２０cm程度。
性格温順で飼い主に良くなつき、粗食や重労働に耐える。
与那国馬は、日本最西端の沖縄県与那国島の鹿毛中心の馬で、体高は１１０～１２０cm程度。
性格は人なつこく、最近ではアニマルセラピーにも用いられる。
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