種畜検査は、家畜改良増殖法（昭和25年5月27日法律第209号）に基づき、種畜の交配に伴う疾病の蔓延防止と、優良な種畜利用による我が国家畜の改良増殖を効果的に推進することを目的に、家畜改良センターが都道府県や地域の方々のご協力のもと実施しています。

種畜検査は、牛、馬及び家畜人工授精の用に供する豚を対象に実施し、本検査に合格した種畜は農林水産大臣から種畜証明書の交付を受け、種付け又は家畜人工授精・家畜体外授精用の精液の採取に供することができます。

種畜検査に合格した種畜以外は種付け等に利用できないよう制限されていますが、学術研究を目的とする場合、自己の飼養する雌への種付けに供する場合については、制限を受けないこととされています。